مطالب علمی / تخصصی


Binding Affinity in Drug Design Experimental and Computational Techniques

مقایسه روش های تجربی و کامپیوتری برای سنجش تمایل لیگاند

در طراحی دارو  بر اساس ساختار پروتئین هدف(srtucture-based drug design)، تعیین میزان تمایل لیگاند به گیرنده (ligand affinity) ضروری است. به این منظور، در حال حاضر روش های متعددی برای سنجش تمایل لیگاند پیشنهاد شده است. اما کدام روش مناسب تر است؟

در این مقاله مروری، نویسندگان هر دو گروه روش های تجربی و کامپیوتری را مورد بررسی قرار داده اند و اساس روش ها، محدودیت ها و مزیت ها و زمینه های اصلی کاربرد روش های محبوب سنجش «تمایل لیگاند» را مورد بحث قرار داده اند.

به نقل از t.me/molecular_modeling

*لطفاً برای دسترسی به لینک دانلود مقاله بر روی نام آن کلیک کنید.


Title: Binding affinity in drug design experimental and computational techniques
Authors: Visvaldas Kairys, Lina Baranauskiene, Migle Kazlauskiene, Daumantas Matulis, Egidijus Kazlauskas
Journal: Expert Opinion on Drug Discovery



Introduction: In pharmaceutical design where future drugs are developed by targeting a specific chosen protein, the evaluation of ligand affinity is crucial. For this very purpose are a multitude of diverse methods which are continuously being improved, which, in turn, makes it difficult to choose which techniques to use in practice

Areas covered: In this review, the authors discuss both experimental and computational approaches for affinity evaluation. Basic principles, general limitations and advantages, as well as main areas of application in drug discovery, are overviewed for some of the most popular ligand binding assays. The authors further provide a guide to affinity predictions, collectively covering several techniques that are used in the first stages of rational drug design

Expert opinion: All affinity estimation methods have limitations and advantages that partially overlap and complement one another. Some of the suggested best practices include cross-verification of data using at least two different techniques and careful data interpretation